Noi siamo quel che mangiamo o quello che i microbi intestinali ci permet-tono di essere? Perché dopo i trattamenti antibiotici possiamo sentirci stanchi o indeboliti? Perché alcuni alimenti ci danno benessere con soddisfazione, gioia e altri provocano malessere o tristezza? L’alimentazione umana (e degli animali) deve coprire solo i fabbisogni dell’organismo o anche quelli del microbismo intestinale e in quale misura? A queste e a tante altre domande possiamo dare una risposta considerando che il corpo umano non è un'isola ordinatamente autosufficiente, ma un ecosistema super-complesso che contiene trilioni di batteri e altri microrganismi che formano un microbiota (o microbioma) che popola pelle, bocca, organi sessuali e specialmente l’apparato digerente.
Il microbiota è un ecosistema vario, dinamico e in relazione mutualistica, trasmesso al neonato dalla madre e che si stabilisce durante il primo anno di vita mentre nel resto della vita subisce trasferimenti tra i componenti della comunità. Il microbiota protegge dagli agenti patogeni, nell’intestino metabolizza i complessi lipidici e polisaccaridici rendendoli digeribili, neutralizza farmaci e agenti cancerogeni, modula la motilità intestinale e influenza molti parametri fisiologici, incluse le funzioni cognitive come l'apprendimento, la memoria e i processi decisionali con una complessa segnalazione bidirezionale tra il tratto gastrointestinale e il cervello, dando origine a un asse intestino-vago-cervello. Questo asse è vitale per il mantenimento dell'omeostasi, è coinvolto nell'eziologia di diverse disfunzioni, disturbi metabolici e mentali contribuendo anche a spiegare le sensazioni che originano dai cambiamenti del microbiota intestinale indotti dagli antibiotici o da taluni alimenti.